Akadémia MŠK Žilina veľmi úzko spolupracuje s dvomi žilinskými školami:
Základná škola
Hráči MŠK Žilina, ktorí hrávajú v žiackych kategóriách, navštevujú Základnú školu v Závodí.
Stredná športová škola
Stredná športová škola s viacerými odbormi je veľmi dôležitou zložkou v dorasteneckých kategóriách MŠK Žilina.
Vyučovací proces je obohatený o športové prípravy so zameraním na zdatnostný potenciál hráčov cez plavecký tréning a nešpecifické gymnastické a atletické podnety, ktoré vykonávajú s našimi hráčmi špecialisti v danom obore.
Futbaloví tréneri sú súčasťou vyučovacieho procesu a veľmi úzko spolupracujú na tvorbe osobnosti športovca.